PCI Express -- это новый стандарт. Теоретически обеспечивает большую пропускную способность, практически никакого преимущества не видно (пока?).
Новые видюхи, изначально разрабатывавшиеся под PCI-E стоят дешевле, чем аналогичные модели AGP, поскольку в AGP-модели устанавливается дополнительный недешевый мост PCI-E <-> AGP.
Вопрос - что покупать. Если ты берешь новый комп, то выгоднее собирать на 775 сокете + мать с PCI-E, и брать видюху PCI-E. В сумме выходит дешевле. Если апгрейдишь старый комп и не хочешь менять ещё и мать+проц, тогда однозначно AGP.
А по тестам, повторяю, результаты практически одинаковые.